感情不和且育有两个孩子，选择的方式需要综合多方面因素考虑。

1. 通常是较为平和的方式。如果夫妻双方能够就离婚相关事宜，包括孩子的、、以及财产分割等问题达成一致意见，可以起草，并共同前往申请。

2. 如果双方无法协商一致，或者一方不愿意离婚，那么只能通过。在诉讼过程中，法院会根据双方的实际情况，以及孩子的意愿（如果孩子达到一定年龄）等因素，来判决孩子的权归属以及财产的分割。

在决定离婚方式时，需要重点考虑孩子的利益和感受，尽量减少对孩子的伤害。同时，要充分了解相关法律法规，保障自己的。

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。