法律解析：

协议离婚时孩子抚养权的判决，通常会综合考虑孩子的年龄、意愿、父母双方的抚养能力和条件等多方面因素。

在协议中，对于孩子抚养权的判决是一个复杂且需要谨慎对待的问题。孩子的年龄是一个重要考量因素。一般来说，两周岁以下的孩子，原则上会判给母亲抚养，因为这个阶段孩子对母亲的依赖更强。但如果母亲存在不适合抚养孩子的情况，比如患有严重疾病等，则可能会判给父亲。

对于两周岁以上的孩子，会更多地考虑父母双方的抚养能力和条件。这包括经济状况、居住环境、教育资源等。如果一方的经济条件更好，能够为孩子提供更稳定和优质的生活环境，可能会更有优势。同时，父母的性格、品德等也会被纳入考虑，因为这会影响孩子的成长和性格塑造。

孩子的意愿也会在一定程度上被尊重，特别是当孩子达到一定年龄，具有一定的认知和表达能力时。但孩子的意愿并非是唯一决定因素，法院还会综合其他情况进行判断。

如果父母双方能够就抚养权达成一致意见，并通过协议明确下来，法院通常也会予以认可。但需要注意的是，协议内容必须符合法律规定和孩子的最佳利益。

总之，协议离婚中孩子抚养权的判决是一个全面、综合的过程，需要综合考虑各种因素，以确保孩子能够在最有利于其成长的环境中生活。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。