月工资分两次发放，通常应将两次发放的金额合并计算纳税。

在我国，个人所得税的计算是基于个人的全部应税收入。当工资分两次发放时，税务部门一般会将这两次发放的金额汇总起来，按照相关税率和扣除标准来计算应缴纳的个人所得税。

具体的扣税方式如下：确定应纳税所得额，应纳税所得额=月度收入-5000 元-专项扣除-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。这里的月度收入就是两次工资发放金额的总和。根据应纳税所得额所在的税率区间，按照对应的税率计算个人所得税。

需要注意的是，无论工资是一次发放还是分多次发放，都不影响纳税的总额，只是发放方式的不同。并且，用人单位有义务按照税法规定，准确代扣代缴员工的个人所得税。

如果存在特殊情况，比如两次发放的工资属于不同的收入项目，或者其中一次发放的并非工资性质的收入，那么可能需要根据具体情况分别进行纳税处理。在这种情况下，建议咨询专业的税务顾问或税务机关，以确保纳税的准确性。

总之，对于月工资分两次发放的扣税问题，关键是要明确所有发放的金额都应纳入个人所得税的计算范围，按照税法规定进行准确纳税。依法纳税是每个公民的义务和责任，正确理解和处理工资发放与纳税的关系，有助于避免税务风险和不必要的麻烦。

《中华人民共和国个人所得税法》第六条第一款

应纳税所得额的计算：

（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。

（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。

（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。

（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。

（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。

（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。