法律解析：

在女方有负债的情况下，离婚时两个孩子的抚养权判决会综合多方面因素来考虑，并非单纯取决于负债这一情况。

当面临女方有负债且涉及到两个孩子抚养权判决的问题时，法院通常会依据一系列的标准和原则来做出裁决。会重点考察孩子的年龄、性别、身心健康状况以及他们的意愿。如果孩子已经达到一定年龄，能够表达自己的意愿，那么他们的意见会被给予相当的重视。

法院会评估父母双方的抚养能力和条件。虽然女方有负债，但这并不一定直接导致其丧失抚养权。法院会考虑负债的具体情况，比如负债的数额、性质、对生活的影响程度等。同时，还会看女方的经济收入、工作稳定性、居住环境等方面是否能够为孩子提供基本的生活保障和良好的成长环境。

父母双方的品德、教育背景、家庭关系等也可能会被纳入考量。如果女方在其他方面表现出更有利于孩子成长的特质，比如对孩子的关爱、教育能力等，那么也有可能获得抚养权，或者与男方共同抚养孩子。

另外，孩子一直以来的生活状况也是重要因素之一。如果孩子长期与女方共同生活，且已经形成了稳定的生活习惯和情感依赖，那么法院在判决时也会充分考虑这一点，尽量维持孩子生活的稳定性。

总之，抚养权的判决是一个复杂的过程，需要综合权衡各种因素，以确保孩子能够在最有利于其成长的环境中生活。不能仅仅因为女方有负债就简单地判定孩子的抚养权归属。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。