法律解析：

员工侵害公司利益后离职，公司在开具离职证明时，应当客观、真实地反映员工的工作情况，但需注意避免使用可能构成诽谤或侮辱的语言。离职证明中可以注明员工的离职原因是因违反公司规定，对公司利益造成损害，但应避免过于详细地描述具体的侵害行为，以免引发潜在的法律纠纷。

当员工因侵害公司利益而离职时，公司在开具离职证明时需要谨慎处理，以确保符合法律法规的要求，并避免对公司自身造成不必要的风险。

首先，公司应当依据事实和相关证据，确定员工确实存在侵害公司利益的行为。在离职证明中，公司可以简要说明员工的离职原因是违反公司规定，对公司利益造成了损害。例如，可以这样写：“该员工因违反公司相关规定，对公司利益产生不利影响，经公司研究决定，于[具体日期]解除劳动合同。”

需要注意的是，公司在描述离职原因时，应避免使用过于情绪化或主观的语言，以免被认为是对员工的诽谤或侮辱。同时，也不应过于详细地描述员工的侵害行为，以免泄露公司的商业秘密或引发其他法律问题。

其次，公司在开具离职证明时，还应当遵循相关的法律法规和劳动政策。根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。因此，公司应当在规定的时间内为员工开具离职证明，并确保证明的内容符合法律要求。

此外，公司在处理此类问题时，还可以咨询专业的法律顾问，以获取更详细和准确的法律建议。法律顾问可以根据公司的具体情况，提供针对性的解决方案，帮助公司妥善处理员工离职问题，降低法律风险。

总之，员工侵害公司利益后离职，公司在开具离职证明时应当客观、谨慎，既要如实反映员工的离职原因，又要避免引发不必要的法律纠纷。通过合理合法的方式处理此类问题，有助于维护公司的合法权益，同时也有助于保持良好的企业形象。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条

用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。