当借款人与贷款机构协商还款后，仍然收到催收通知，可能有以下原因：

1、信息延迟：虽然借款人已经与贷款机构达成还款协议，但系统更新或信息传递可能存在延迟，导致催收通知未能及时停止。

2、误解或沟通问题：在协商还款过程中，可能存在误解或沟通不畅的情况，贷款机构可能认为借款人尚未履行还款义务，或者借款人认为已经解决了所有问题，但实际上可能存在一些未解决的细节。

3、第三方催收机构：有些贷款机构可能会将催收工作委托给第三方催收机构，即使借款人与原始贷款机构达成协议，第三方催收机构可能仍在继续催收。

4、系统错误：偶尔，贷款机构的系统可能会出现错误，导致催收通知继续发送。

建议参考：

1、与贷款机构再次沟通：联系贷款机构，确认还款协议的具体细节和状态，要求他们停止催收，并提供相应的证明文件。

2、保留沟通记录：在与贷款机构的沟通中，务必保留所有的记录，包括邮件、短信、通话记录等，这些记录可能在未来的纠纷解决中起到重要作用。

3、检查还款记录：确保按照协商协议按时足额还款，如有任何疑问，及时与贷款机构核对还款记录。

4、注意个人信用记录：催收可能会对个人信用记录产生负面影响，如果催收行为严重影响到你的信用记录，你可以考虑寻求法律援助或咨询信用管理机构。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第五百零九条规定：当事人应当按照约定全面履行自己的义务，当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

小编总结：

当协商还款后仍收到催收通知时，不要惊慌，首先与贷款机构进行沟通，了解情况并要求停止催收，保留好沟通记录和还款记录，以便在需要时进行证明，如果催收行为对你的信用记录造成了负面影响，可以考虑寻求法律援助或咨询信用管理机构，在与贷款机构协商还款时，要确保明确还款计划和双方的权利义务，以避免不必要的纠纷。