当借款人与贷款机构协商还款并达成协议后，按理说借款人已经按照协议履行了还款义务，贷款机构应该停止催收行为，但实际上，有时候借款人在协商还款后仍然会收到催收短信，这可能有以下几个原因：

1、信息延迟：尽管借款人已经与贷款机构协商还款，但可能由于各种原因，信息未能及时传递到催收部门，导致催收人员仍然按照原来的计划进行催收。

2、系统错误：**贷款机构的系统可能存在错误，导致未能及时更新借款人的还款状态，从而继续发送催收短信。

3、第三方催收机构：**有些贷款机构可能将催收工作外包给第三方催收机构，这些机构可能没有及时收到协商还款的信息，或者与贷款机构之间存在沟通问题，导致催收继续进行。

建议参考：

1、确认还款情况：**在协商还款后，借款人应及时确认自己的还款情况，确保贷款机构已经收到还款并更新了相关记录，可以通过查询还款记录、与贷款机构客服沟通等方式进行确认。

2、与催收人员沟通：**如果借款人收到催收短信，可以与催收人员进行沟通，说明自己已经与贷款机构协商还款，并提供相关的还款凭证，要求催收人员停止催收行为，并核实他们是否已经收到协商还款的信息。

3、投诉与反馈：**如果催收人员仍然继续催收，借款人可以向贷款机构投诉，要求他们解决问题，也可以向相关监管部门反馈情况，维护自己的合法权益。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，法律另有规定的，依照其规定，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

小编总结：

协商还款后收到催收短信可能是由于信息延迟、系统错误或第三方催收机构等原因导致，借款人应及时确认还款情况，并与催收人员沟通，要求停止催收，如催收人员继续催收，可向贷款机构投诉或向相关监管部门反馈，借款人也应注意保护自己的合法权益，及时行使诉讼权利。