如果男方在婚姻关系存续期间有出轨行为，这通常被视为对婚姻的不忠，可能会对离婚案件中的子女抚养权判决产生一定的影响，法院在处理离婚案件时，会综合考虑多种因素来决定子女的抚养权归属，包括但不限于双方的经济状况、教育背景、抚养能力以及子女的意愿（尤其是较大年龄的子女）。

建议参考：

在实际操作中，法院通常会优先保障子女的最佳利益，如果男方的出轨行为没有对子女造成负面影响，且没有其他不利于抚养子女的情形，男方仍然可能获得子女的抚养权，如果出轨行为对子女有不利影响，或者男方的行为表明其不适合抚养子女，法院可能会考虑将抚养权判给女方。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条：“父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”

小编总结：

在男方婚内出轨的情况下，子女抚养权的判决并非仅依据出轨行为，而是综合考量多方面因素，如果出轨行为确实对子女有不利影响，法院可能会考虑将抚养权判给女方，以保障子女的最佳利益，具体情况还需结合案件的实际情况和法院的判断，在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以获得更准确的法律意见和指导。