辞职后工资被扣可通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、向法院起诉等方式来处理。

当遇到辞职后工资被扣的情况，与用人单位进行协商是较为直接和温和的解决方式。可以先尝试与公司的人力资源部门或者直接上级沟通，明确指出工资被扣这一事实不符合法律规定，并要求其说明扣工资的理由和依据。在协商过程中，要保持冷静和理性，通过沟通来尝试解决问题。如果公司能够认识到错误并补发工资，那么问题可以得到迅速解决。

若协商不成，可向劳动监察部门投诉。劳动监察部门是政府的职能部门，专门负责监督和检查用人单位遵守劳动法律法规的情况。可以准备好相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、辞职申请等，向当地的劳动监察大队投诉。劳动监察部门会根据提供的材料进行调查核实，如果发现用人单位存在违法行为，会责令其改正，并依法给予相应的处罚。这种方式相对简便快捷，能借助行政力量维护自身权益。

申请劳动仲裁也是重要的途径。劳动仲裁是一种准司法程序，由劳动争议仲裁委员会对劳动争议进行居中公断与裁决。需要在规定的时间内（一般是知道或应当知道权利被侵害之日起一年内）向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书和相关证据。仲裁委员会受理后，会安排开庭审理，听取双方的陈述和辩论，并根据事实和法律作出裁决。劳动仲裁具有专业性和权威性，其裁决结果具有法律效力。

如果对劳动仲裁结果不满意，还可以向。这是最后的法律救济手段。向法院需要遵循严格的法律程序，准备好充分的证据和相关的法律文书。法院会根据事实和法律进行审理，并作出判决。在整个过程中，要注意保存好各种证据，以证明自己的主张。通过这些合法途径，能够有效地维护自己的工资权益。

《劳动争议调解仲裁法》 第五条

发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。