奖金和工资一起发放时，扣税方式分情况而定。若奖金属于全年一次性奖金，可选择单独计税或并入综合所得计税；若为其他类型奖金，通常并入当月工资薪金，按照综合所得税率表计税。

首先了解一下综合所得计税的基本情况。综合所得包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得。适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。应纳税所得额是每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额。

对于全年一次性奖金，如果选择单独计税，以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照按月换算后的综合所得税率表，确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。计算公式为：应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数。例如，全年一次性奖金为36000元，36000÷12 = 3000元，对应税率为3%，速算扣除数为0，那么应纳税额 = 36000×3% - 0 = 1080元。

若全年一次性奖金选择并入综合所得计税，则将奖金与全年的工资薪金等综合所得合并，按照综合所得的计税方法计算应纳税额。假设全年工资收入为10万元，全年一次性奖金为2万元，不考虑其他扣除项目，那么全年综合所得收入为12万元，应纳税所得额为120000 - 60000 = 60000元，对应税率为10%，速算扣除数为2520元，应纳税额 = 60000×10% - 2520 = 3480元。

而除全年一次性奖金之外的其他奖金，比如季度奖、月度奖等，一般是与当月工资薪金合并，按照综合所得税率表计算缴纳个人所得税。例如，当月工资5000元，季度奖3000元，总计收入8000元，扣除5000元费用后，应纳税所得额为3000元，对应税率为3%，速算扣除数为0，应纳税额 = 3000×3% - 0 = 90元。

在实际操作中，纳税人可以根据自身情况，比较单独计税和并入综合所得计税两种方式下的纳税金额，选择更节税的方式。

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。