香港离婚分居两年后，如何进行离婚手续呢？双方需要达成共识，确认离婚的意愿，并同意进行离婚程序。接下来，可以按照以下步骤进行离婚：

1. 提交申请：夫妻双方可以共同或单方面向香港法院提交离婚申请。申请人需要填写离婚申请书，并附上相关证明文件，如结婚证和分居两年的证明材料。

2. 法院审理：一旦申请提交，法院将会安排审理。在审理过程中，法院会考虑夫妻双方的意愿以及离婚是否符合法律规定。如果法院认为离婚是合理的，将会裁定离婚。

3. 财产分割和抚养权问题：离婚申请审理期间，夫妻双方可以商议财产分割和子女抚养权问题。如果双方无法达成一致，法院将会根据香港法律规定进行处理。

4. 离婚证书：一旦法院裁定离婚，将会颁发离婚证书。这个证书是离婚生效的标志，双方可以凭借该证书办理各种手续，如更改户口状况等。

需要注意的是，以上步骤仅供参考，实际操作可能因个案而异。离婚是一项复杂的法律程序，建议夫妻双方在进行离婚前咨询专业律师，以确保自己的权益得到保护。离婚过程中可能涉及财产分割、抚养权和探望权等问题，双方需要充分沟通和协商，以达成最佳解决方案。

香港离婚分居两年后，夫妻双方可以按照法律程序进行离婚。通过提交申请、法院审理、财产分割和抚养权问题的处理，最终可以获得离婚证书，完成离婚手续。