离婚时有两个孩子，一般会判决一人抚养一个。如果双方对孩子的抚养问题达成一致意见，法院会按照双方的意愿出具判决书。如果双方无法就孩子抚养问题达成一致，法院会遵循一人抚养一个子女的原则进行判决。

对于两周岁以内的子女，原则上由女方抚养。在这个年龄段，孩子对母亲的依赖更大。

对于两周岁到八周岁之间的子女，法院会根据最有利子女成长的原则进行判决。法院会考虑孩子的年龄、性别、性格、成长环境等多方面因素，以确保孩子能够在最佳环境中健康成长。

对于八周岁以上的子女，法院会尊重其意见。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。